福州市档案馆馆藏丰富，通过直接接收市级单位的档案、资料和征集散落在民间的零散档案、资料，目前馆藏有民国档案、革命历史档案以及新中国党政文书档案、会计档案、部分房地产档案、科技档案、诉讼档案、涉外婚姻档案、城市规划档案、各界知名人士档案、死亡干部（副处级以上）档案、地方重要事件和重大活动档案、实物档案、照片档案、录音录像档案等不同形式和各种载体的档案资料。截止2021年5月底，馆藏档案共234个全宗，340224 卷又357979件，其中中华人民共和国成立前的历史档案10个全宗20853卷，建国后档案共224个全宗319371卷又357979件，资料24493册，照片档案27731张，实物档案1187件。馆藏档案的时间跨度为清咸丰五年（1855年）至2019年，真实记录了福州市政治、经济、文化、科教、工业、交通等方面的发展过程，反映了福州市的历史概貌，是弥足珍贵的文化遗产。主要介绍如下： 

　　（1）民国档案。主要包括福州市1912年至1949年民国时期有关政治、军事、文化教育等方面的档案。 

　　（2）革命历史档案。主要包括1925年至1949年间有关地下党、十九路军等方面的信件、电文、诗稿等材料。 

　　（3）新中国成立后福州市市属机关、团体、企事业单位的档案。主要包括各个时期市委和市政府及所属单位的会议文件、政策法规、工作计划、总结、报告、请示、批复等。 

　　（4）民生档案。如部分1952年福州市农村土地房产所有证存根档案；1997年至2019年的涉外婚姻档案等。 

　　（5）反映福州解放、新旧城区面貌、经济建设、外事活动及重大事件等方面的声像档案。如1860年前后的反映福州城区面貌的48张福州老照片，福州市内河整治、东部新城建设等电子影像资料。 

　　（6）反映地方重大事件和重要活动档案。如“冶城”建城2200周年活动档案、“5.18”海交会档案、评选福州十大名片活动档案、北京奥运会火炬福州传递活动档案、第一届全国青运会以及第一届至第三届数字峰会筹办、举办过程中形成的文书、会计、科技、声像、实物档案资料等。 

　　（7）集中体现地方特色文化和名人档案。如船政文化档案、申报中华老字号档案、申报福州非物资文化遗产档案、闽剧档案、家谱族谱；林森、卢隐等名人档案；陈友荣民俗风情画等。 

　　（8）实物档案。主要包括福州市获得的国际性、国家级、省级荣誉奖牌、奖杯、证书，以及世界各国和地区领导人、社会团体、友人赠送福州市的公务往来纪念品和等。 

　　（9）资料。主要包括反映福州市历史、政治、文教卫生等方面以及与馆藏档案全宗有较密切联系的书籍、报刊、杂志等。如福州市直属单位的内部出版物（包括书籍、杂志、汇编）、统计资料、《福州日报》、《福州晚报》等。